Pola pembinaan yang digunakan dalam proses pendidikan dan pembelajaran di lingkungan Pondok Pesantren Terpadu Nurul Ulum terbagi menjadi dua macam berupa pembinaan yang dilakukan kepada para santri pada saat jam belajar formal di dalam kelas maupun pembinaan di luar jam belajar formal. Dimana, pola pembinaan tersebut seluruhnya berorientasi kepada kepentingan peserta didik (student centered).

Pembinaan santri selama proses pembelajaran formal di kelas ditangani oleh bagian pengajaran, para kepala satuan pendidikan dan seluruh staf pengajar. Pembinaan lebih mengutamakan pencegahan agar peserta didik tidak melakukan berbagai pelanggaran, dari pada perbaikan setelah terjadinya pelanggaran yang mereka lakukan. Pola pembinaan ini menuntut kepala Madrasah/Sekolah dan para guru untuk proaktif terhadap peserta didik agar pembinaan dapat mencapai hasil maksimal.

Adapun pembinaan santri diluar jam belajar formal berada dibawah tanggung jawab pengasuh dan / atau pembina santri yang tinggal di asrama pesantren. Pembinaan ini waktunya lebih panjang dan mekanismenya lebih rumit karena mencakup seluruh kehidupan santri, mulai dari keluar sekolah/madrasah sampai masuk kelas pagi hari berikutnya.

Dalam menegakkan disiplin santri, pengasuh/pembina lebih menekankan pada kesadaran akan pentingnya hidup berdisiplin dan tindakan-tindakan pencegahan dan menghilangkan sanksi fisik. Dengan demikian di harapkan seluruh santri menyadari betul akan pentingnya hidup dengan disiplin, kesadaran yang terlahir benar-benar dari hati nurani seluruh santri dan bukan karena unsur keterpaksaan di dalamnya.